依據驗證證書通過效力聲明，第(六)點規定驗證證書以「文書及檔案管理電腦化作業規範」實施期間為效期。舉例說明若通過驗證系統之證書，係以文檔規範(99年12月修訂)為效期，然104年7月8日行政院函頒修訂「文書及檔案管理電腦化作業規範」，故該驗證系統證書即為失效。故建議當法規修正時，機關也應同步調整公文系統功能並申請驗證作業，以確保系統符合現行法規之標準。

機關如有意報名參加第14屆金檔獎機關檔案管理金檔獎，依據「第14屆金檔獎機關檔案管理金檔獎評獎實施計畫」公文及檔案管理系統功能完整之衡量指標，機關可配合查核方法規定，檢附通過100年(含)以後「公文及檔案管理資訊系統」驗證證書 (含影本 )。

本驗證作業通過的標準是必須依據驗證規格中，所有驗證步驟通過，才算通過。

凡驗證作業經驗證委員會審核不通過者，如再次送驗時，必須依據驗證規格內容全部重新驗證，因此，全部流程(包括申請與驗證)皆與初次驗證完全相同。

實機驗證時除依據網站公佈的驗證規格進行驗證作業外，本會將依據前述驗證規格，設計驗證個案（不公開），並採隨機抽取其中任一個案方式，對每一受驗單位實施驗證。此驗證個案為驗證規格中要求的項目範圍，僅資料數量不一樣。此抽驗部份若有不通過之情況，驗證結果亦不通過。

由於驗證證書須待驗證委員會審核，確認無誤後會先在驗證網公告通過，證書部分因需要檔案局與中華軟協用印，相關文件用印皆以公文往返，故整體來說申請單位拿到證書時間應為驗證次月的中下旬。

若機關所使用之系統與上級機關相同，建議可由上級機關申請驗證。若是同機關多單位使用相同系統，如：醫院有北中南分院，同時使用同一套系統，亦可由3個分院單位聯名申請驗證。